Voor hun werkzaamheden ontvangen de Regionale Centra subsidie van het Ministerie van VWS Ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport (Ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport). De verleende subsidie voor elk Regionaal Centrum en het landelijk beheerorgaan wordt bepaald aan de hand van de ‘rekentool’.